Par un arrêt publié du 3 juin 2026 (n° 24-19.545 FS-B), la chambre sociale juge que, lorsqu’un salarié soumis à un aménagement du temps de travail sur plusieurs semaines est absent pour maladie en période de haute activité, le seuil de déclenchement des heures supplémentaires doit être abaissé de la durée de l’absence — et elle livre, pas à pas, la méthode de calcul. Un mode d’emploi que délégués syndicaux, employeurs et DRH doivent intégrer sans délai dans le contrôle de la paie.
PARTIE 1 — LE DÉCLENCHEUR
L’arrêt a été rendu le 3 juin 2026 par la chambre sociale de la Cour de cassation, en formation de section, sous le numéro de pourvoi 24-19.545, avec publication au Bulletin — la mention « FS-B » signalant que la Cour entend donner à sa solution une portée qui dépasse le cas d’espèce. Le contexte est celui, très répandu, de l’aménagement du temps de travail sur une période de référence supérieure à la semaine, que la pratique appelle souvent « annualisation » ou « modulation » : un accord collectif fait varier la durée hebdomadaire de travail au fil de l’année, avec des périodes de haute activité où le salarié travaille au-delà de 35 heures et des périodes de basse activité où il travaille en deçà, les heures supplémentaires n’étant décomptées qu’en fin de période de référence.
Toute la difficulté surgit lorsque le salarié tombe malade en cours de période — et singulièrement pendant une période de haute activité. Ses semaines d’absence, qu’il aurait dû travailler à un rythme soutenu, doivent-elles être purement ignorées du décompte, au risque de lui faire perdre des heures supplémentaires qu’il aurait accomplies sans la maladie ? Ou faut-il neutraliser l’absence, et selon quelle méthode ? C’est à cette question technique mais financièrement lourde que répond l’arrêt du 3 juin 2026, dont la solution a été présentée dans la sélection hebdomadaire de jurisprudence sociale mise en ligne par les éditions Lefebvre Dalloz le 8 juin 2026. La Cour y formule une règle de principe et, fait plus rare, un véritable protocole de calcul à destination des juges du fond — donc, en amont, des services de paie.
PARTIE 2 — CE QUE DIT LE DROIT
Rappelons d’abord le cadre. Une heure supplémentaire est une heure accomplie au-delà de la durée légale de 35 heures hebdomadaires, ouvrant droit à majoration de salaire ou à repos compensateur (article L. 3121-28 du code du travail). Lorsque le temps de travail est aménagé sur une période de référence supérieure à la semaine en application d’un accord collectif (articles L. 3121-41 et L. 3121-44 du code du travail), le décompte change de logique : constituent des heures supplémentaires les heures effectuées au-delà d’un seuil apprécié sur l’ensemble de la période — typiquement 1 607 heures lorsque la période de référence est l’année, ou la moyenne de 35 heures calculée sur la période lorsqu’elle est plus courte.
Restait à savoir comment traiter l’absence pour maladie dans ce décompte. Deux écueils se présentaient. Premier écueil : assimiler les semaines de maladie à du temps de travail effectif, ce que la loi ne prévoit pas pour le déclenchement des heures supplémentaires — la maladie suspend le contrat de travail, et les heures non travaillées ne sont pas des heures « accomplies ». Second écueil, inverse : appliquer au salarié malade le seuil plein, comme s’il avait été présent toute la période ; le salarié absent deux semaines en haute activité devrait alors « rattraper » un seuil calibré pour un salarié présent, et perdrait mécaniquement le bénéfice d’heures supplémentaires pourtant réellement accomplies le reste de la période. La maladie deviendrait une cause de minoration de la rémunération au-delà de la seule absence, ce que la jurisprudence refuse de longue date au nom du principe selon lequel l’absence pour maladie ne doit pas pénaliser le salarié dans ses droits acquis par le travail effectivement fourni.
La chambre sociale tranche par une voie médiane, désormais énoncée en règle : en cas d’aménagement du temps de travail sur une période de référence de plusieurs semaines et en l’absence de dispositions conventionnelles plus favorables, le seuil de déclenchement des heures supplémentaires doit, lorsque le salarié est absent pour maladie en cours de période de haute activité, être réduit de la durée de cette absence, évaluée sur la base de la durée hebdomadaire moyenne de travail applicable dans l’entreprise pendant la période de référence. Et la Cour détaille la méthode en trois temps imposée aux juges du fond : d’abord, évaluer la durée de l’absence du salarié pendant les périodes de haute activité, sur la base de la durée hebdomadaire moyenne de la période de référence ; ensuite, retrancher cette durée du seuil de déclenchement applicable dans l’entreprise, pour obtenir un seuil de déclenchement spécifique au salarié absent ; enfin, décompter les heures effectivement travaillées, seules celles accomplies au-delà de ce seuil individualisé constituant des heures supplémentaires. Exemple simplifié : pour un salarié annualisé (seuil de 1 607 heures, moyenne de 35 heures) absent deux semaines pour maladie en haute saison, le seuil personnel devient 1 607 − 70 = 1 537 heures ; toute heure réellement travaillée au-delà de 1 537 heures sur la période est une heure supplémentaire à majorer.
On notera la cohérence — et la différence — avec la jurisprudence récente sur les congés payés : depuis les arrêts du 10 septembre 2025, confirmés le 7 janvier 2026 (n° 24-19.410) pour les cycles de deux semaines, les jours de congés payés sont pris en compte pour apprécier le franchissement du seuil, par alignement sur le droit de l’Union européenne. Pour la maladie, la Cour ne procède pas par assimilation à du travail effectif, mais par abaissement du seuil : le résultat protège le salarié sans créer d’heures supplémentaires fictives. La précision « en l’absence de dispositions conventionnelles plus favorables » réserve enfin les accords d’entreprise ou de branche qui neutraliseraient l’absence de manière plus avantageuse.
PARTIE 3 — CE QUE ÇA CHANGE EN PRATIQUE
Pour les délégués syndicaux, l’arrêt fournit un outil de contrôle immédiat des paies de fin de période de référence. Dans toute entreprise annualisée, il faut identifier les salariés ayant connu un arrêt maladie en période de haute activité et vérifier que le service paie a bien appliqué un seuil individualisé, et non le seuil plein. Le calcul étant désormais standardisé par la Cour, une réclamation peut être chiffrée précisément : durée de l’absence convertie en heures sur la base de la moyenne de la période, soustraction du seuil, recomptage. C’est aussi un thème à porter en négociation : l’arrêt n’établissant qu’un plancher, un accord collectif peut prévoir un traitement plus favorable, par exemple une neutralisation sur la base de l’horaire planifié de haute activité plutôt que de la moyenne.
Pour les employeurs, le message est un avertissement de conformité. Appliquer le seuil plein à un salarié malade en haute activité expose à des rappels de salaire majorés, sur trois ans de prescription salariale, multipliés par le nombre de salariés concernés — un risque de masse dans les secteurs saisonniers (agroalimentaire, logistique, tourisme, commerce). À l’inverse, l’arrêt sécurise un point : la maladie n’a pas à être assimilée à du temps de travail effectif pour déclencher des heures supplémentaires ; seul l’abaissement du seuil s’impose. Les logiciels de paie et les paramétrages de gestion des temps doivent être audités sur ce point précis avant les prochaines clôtures de période.
Pour les DRH, trois chantiers concrets : premièrement, faire paramétrer dans l’outil de gestion des temps un seuil de déclenchement individualisé intégrant les absences maladie en haute activité, selon la méthode en trois étapes de la Cour ; deuxièmement, relire l’accord d’aménagement du temps de travail applicable pour vérifier s’il contient des stipulations plus favorables — qui priment — ou des clauses contraires — qui sont neutralisées ; troisièmement, documenter le mode de calcul dans une note de paie opposable, afin de pouvoir justifier le décompte en cas de contentieux ou de contrôle, et former les gestionnaires de paie à distinguer le régime des congés payés (pris en compte dans le décompte) de celui de la maladie (abaissement du seuil).
CHUTE
Après les congés payés en septembre 2025 et janvier 2026, c’est désormais la maladie qui reçoit son mode d’emploi dans le décompte des heures supplémentaires des salariés en horaires aménagés. La chambre sociale poursuit, arrêt après arrêt, la mise en ordre du contentieux de l’annualisation — et chaque clôture de période de référence devient un moment de vérité pour la paie. Prochaine étape à surveiller : l’application de cette méthode par les juges du fond et son éventuelle extension à d’autres causes d’absence non assimilées à du travail effectif. D’ici là, un réflexe : à chaque arrêt maladie en haute saison, recalculer le seuil.
Cet article a une vocation pédagogique et informative ; il ne constitue pas un conseil juridique individuel.