Un décret paru au Journal officiel du 18 septembre 2026 réduit de 3 ans à 1 an la durée maximale d’indemnisation des arrêts de travail pour certaines affections de longue durée (ALD) au premier rang desquelles la dépression légère (non reconnue sur la liste des 30 ALD exonérantes) et les troubles musculo-squelettiques (TMS), qui représentent à eux deux près des 2/3 de ces situations. Les ALD qui donnent droit à la prise en charge à 100 % de vos soins (cancer, diabète…) ne sont pas concernées : elles gardent leurs 3 ans. La nouvelle règle s’applique aux arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026.
Toutes les affections de longue durée ne se valent pas aux yeux de l’Assurance maladie. Certaines donnent droit à la gratuité totale des soins liés à la maladie ; d’autres non, tout en ouvrant droit — jusqu’ici — à la même durée maximale d’indemnités journalières : 3 ans. Pour un salarié en arrêt prolongé pour une dépression légère non listée ou des troubles musculo-squelettiques récurrents, les indemnités journalières pourront désormais s’arrêter après 1 an seulement — avec un risque direct sur ses revenus et son maintien dans l’emploi.
Ce que change le décret du 16 septembre
Le décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026, pris après avis de la Cnam et de l’Uncam, qui modifie les articles R. 323-1 et suivants du code de la sécurité sociale.
Pour une affection nécessitant des soins prolongés, votre médecin traitant peut établir, avec l’accord du contrôle médical, un « protocole de soins ». C’est ce qu’on appelle être reconnu en affection de longue durée (ALD). C’est ce protocole qui permet de prolonger l’indemnisation d’un arrêt continu de 3 ans au maximum.
Cette durée de 3 ans n’est désormais maintenue que si votre ALD vous donne aussi droit à la suppression du ticket modérateur (TM) et donc à la prise en charge à 100 % des soins liés à votre maladie. Si ce n’est pas le cas, la durée maximale tombe à 1 an.
La règle s’applique aux arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026, et aux arrêts déjà en cours qui atteindront 6 mois à partir de cette date. Un régime transitoire préserve les 3 ans pour les personnes déjà suivies, avant le 15 octobre, dans le cadre de ce protocole de soins.
Dépression et TMS, en première ligne
Deux pathologies concentrent les cas : selon le rapport « Charges et produits pour 2026 » de l’Assurance maladie (cité par la presse spécialisée, non consulté directement en version intégrale), la dépression légère représenterait 33 % des ALD « non exonérantes » à l’origine d’arrêts longs, et les troubles musculo-squelettiques (TMS comme les tendinites, lombalgies chroniques, canal carpien…) 32 %.
ALD non exonérante, cela veut dire que votre affection nécessite un traitement prolongé et coûteux sans ouvrir droit, en parallèle, à la gratuité de vos soins courants. C’est cette catégorie, et elle seule, qui perd 2 ans d’indemnisation potentielle.
Les ALD épargnées sont les affections de type cancer, diabète, maladies cardio-vasculaires ou neurologiques graves inscrites sur la liste officielle des ALD, ou reconnues « hors liste » avec prise en charge à 100 %. Pour ces ALD la durée maximale reste fixée à 3 ans.
Le corollaire : une sanction pour arrêt « non justifié »
Depuis le 19 septembre 2026, le même décret élargit la liste des abus sanctionnables par une pénalité financière à l’assuré qui obtiendrait, de manière injustifiée par son état de santé, une prescription d’arrêt de travail. Cette sanction cible une fraude caractérisée, pas la légitimité d’un arrêt normalement prescrit et suivi par votre médecin mais elle confirme un climat de contrôle renforcé, utile à connaître si vous êtes convoqué à une contre-visite.
Ce qu’il faut vérifier dès maintenant
Demandez à votre médecin traitant ou à votre caisse de confirmer si votre protocole de soins ouvre droit, ou non, à la prise en charge à 100 %. Cette information suffit à savoir si votre indemnisation s’arrêtera dans 1 an ou dans 3.
De plus, après épuisement de votre indemnisation d’un 1 an (ou de 3 ans) vous devez à nous travailler au moins 1 an avant de pouvoir bénéficier d’une nouvelle période d’indemnisation pour la même affection.
En outre si vos indemnités s’arrêtent, parlez-en tôt à votre employeur ou à votre médecin du travail. Une visite de pré-reprise peut préparer un aménagement de poste ou un mi-temps thérapeutique, plutôt que de découvrir la coupure au dernier mois.